Tem coisa mas chata quando você abre o navegador e os seu favoritos não estão lá, bem isso aconteceu comigo e vou passar aqui pra vocês como consegui resolver.
1 O Chrome faz um backup automático, precisa apenas achar o seguinte arquivo que no meu micro estava assim:
C:\Users\Lu\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\Bookmarks
2 - Clicando com o botão direito aparece a opção Restore previous versions.
3 - Escolher o arquivo que aparece (Bookmarks.bak) com data anterior.
4 - Pronto!!!
Agora é só fechar o Chrome e abrir de novo e lá estarão os favoritos. Claro que se você salvou algum link após o backup, este não vai conseguir recuperar.
Espero ter ajudado!
